비록 목재의 단열성능이 콘크리트나 철보다는 매우 높지만 2X4 주택의 구조체 내부를 보면 벽 두께가 작아 단열성능이 높은 단열재를 사용하여야만 만족할만한 단열성능을 얻을 수 있다.
목조주택에 사용되는 단열재로는 현재 석면(asbestos)은 전혀 사용되지 않으며 (법적으로 규제를 받음) 유리섬유(glass fiber, glass wool, mineral fiber, mineral wool)가 주로 사용되고 있다. 단열재는 포상(batt, blanket), 판상(board, sheet), 분무형(loose fill) 등의 형태로 사용되며 그 중에서 시공 및 취급이 용이한 포상의 형태로 가장 많이 사용되고 있다.
석면은 주로 모래가 변환된 사암을 녹여서 공기와 함께 불어줌으로써 가는 섬유형으로 제조되는데 입자가 작기 때문에 호흡 시에 인체에 흡입되어 폐에 건강상의 문제를 일으킨다. 그러나 유리섬유는 유리를 녹여서 섬유상으로 제조되며 매우 긴 형태로 제조되기 때문에 인체에 흡입되어 문제를 야기 시키지는 않는다. 이외에도 천연의 재료들은 사용 중에 인체에 암을 유발할 수 있는 방사선(라돈)을 방출하기 때문에 건강상의 문제를 유발할 수 있는데 석면의 라돈발산량이 8.63(Bq/m3)인 것에 비하여 유리섬유 또는 암면은 0.25(Bq/m3)으로서 목재(0.1(Bq/m3))의 약 2.5배에 해당하나 세멘트(2.5(Bq/m3))의 1/10에 불과하다. 특히 목조건축에 사용되는 유리섬유는 포상으로 제조되고 수분차단지로 포장되어 출하되기 때문에 목조주택 거주자들에게 건강상의 문제를 야기할 가능성은 거의 없다.
유리섬유는 가장 구하기가 쉽고 널리 사용되는 단열재라는 특징 이외에 화재 시에 내화성능이 좋으며 (화염전파속도 등급(flame spread)이 15 (25 이하면 양호)) 연기가 발생하지 않는 이점 (연기발생 등급(smoke development) = 0)이 있다. 유리섬유에 비하여 스티로폼(polystyrene form board)은 단열성능이 양호(R값이 1인치 두께당 4.00)하나 연결부위의 측면에 대한 완벽한 단열처리가 힘들며 불에 약하고 (화염전파속도 등급 = 200, 연기발생 등급 = 500) 화재 시에 유독가스가 발생하는 단점이 있다.